最高人民法院《关于海事法院拍卖被扣押船舶清偿债务的规定》明确指出：债权登记届满后，由海事法院主持召开债权人会议。全体债权人通过协商，根据清偿顺序提出分配方案，签订清偿协议经海事法院裁定予以认可。协商不成，由海事法院裁定;拍卖船舶所得价款及其利息一并参与分配。
债务清偿的顺序：
一、船长、船员和在船上工作的其他在编人员根据劳动法律、行政法规或者劳动合同所产生的工资、其他劳动报酬，船员遣返费用和社会保险费用的给付请求;
二、在船舶营运中发生的人身伤亡的赔偿请求;
三、船舶吨税、引航费、港务费和其他港口规费的缴付请求;
一、海难救助的救助款项的给付请求;
二、船舶在营运中因侵权行为产生的赔偿请求。
因行使船舶优先权产生的诉讼费用，保存、拍卖船舶和分配船舶价款产生的费用，以及为海事请求人的共同利益而支付的其他费用，应当先行从拍卖船舶所得价款中扣除。
在清偿债务的顺序中，船舶优先权先于船舶留置权受偿;船舶抵押权后于船舶留置权受偿。
清偿后的余款应归还原船舶所有人。
拍卖船舶所得价款不够清偿债务的，按比例清偿。
