不同立法目的
船舶优先权是以船舶为标的，以担保特定债权的实现为目的，通过司法程序扣留以至出卖船舶，使债权人得以就船舶变卖所得价款依法定顺序优先受偿的权利，其侧重于对海事债权人的保护。海事赔偿责任限制则是在发生重大海损时，船舶所有人、经营人和承租人等可根据法律的规定将自己的责任限定在一定范围内的法律制度，其侧重于对海事债务人的保护。
产生冲突的原因
设立基金导致船舶不能被扣押，影响船舶优先权的行使
海损事故的责任主体要求享受赔偿责任限制的，应在法院设立赔偿基金。基金的设立具有担保债权实现的作用，责任人提交责任限制基金后，所有限制性债权人不得对责任人的船舶实施扣押;船舶已被扣押的，应予释放。而船舶优先权则通过法院扣押船舶得以行使。
限制性债权和受船舶优先权担保的债权存在交叉
海事索赔基于的债权为限制性债权的，责任主体有权享受责任限制。我国《海商法》规定的限制性债权有：在船上发生的或者与船舶营运、救助作业直接相关的人身伤亡或者财产的灭失、损坏，包括对港口工程、港池、航道和助航设施造成的损坏，以及由此引起的相应损失的赔偿请求;海上货物运输因迟延交付或者旅客及其行李运输因迟延到达造成损失的赔偿请求;与船舶营运或者救助作业直接相关的，侵犯非合同权利的行为造成其他损失的赔偿请求;责任人以外的其他人，为避免或者减少责任人依照本章规定可以限制赔偿责任的损失而采取措施的赔偿请求，以及因此项措施造成进一步损失的赔偿请求。
前款所列赔偿请求，无论提出的方式有何不同，均可以限制赔偿责任。但是，第4项涉及责任人以合同约定支付的报酬，责任人的支付责任不得援用本条赔偿责任限制的规定。我国《海商法》规定的受船舶优先权担保的债权为：船员等的工资、其他劳动报酬、遣返费用和社会保险费用的给付请求;在船舶营运中发生人身伤亡的赔偿请求;船舶吨税、引航费、港务费和其他港口规费的缴付请求;海难救助的救助款项的给付请求;船舶在营运中因侵权行为产生的财产赔偿请求。
可见，限制性债权和受船舶优先权担保的债权存在交叉。受船舶优先权担保的债权是对船舶拍卖价款按照法定受偿顺序进行分配而得以满足;因海损事故产生的所有限制性债权则是在基金范围内按照基金的分配方法进行受偿。由于基金的分配和船舶价款的受偿适用不同的原则，因此当债权既为限制性债权又为受船舶优先权担保的债权时，按何种顺序受偿就会产生矛盾。
