抵押人的资格确定后，融资当事人则需协商签订船舶抵押合同，当事人间意思表示一致即达成船舶抵押借贷的合意后，船舶抵押合同得以成立。成立船舶抵押关系的合意需通过书面形式来表明，这通常也是各国法律所要求的船舶抵押生效的形式条件，《海商法》第12条也要求以书面形式确认船舶抵押合同关系。
我国《担保法》第5条明确了“担保合同是主合同的从合同，主合同无效，担保合同无效。担保合同另有约定的，按照约定。”这与《民法通则》第89条及其2款的精神是一致的，表明我国民事立法认定抵押合同是从属于主合同(原因行为)的从合同。在为融资签订船舶抵押合同时，前者是后者的原因行为，通过借贷合同(为主合同)来表示，如果借贷合同不成立、无效或被撤销，除非另有约定，船舶抵押合同作为其从合同，也随之不成立、无效或被撤销。为不影响今后船舶抵押权的实现，贷款方或其他投资人应利用《担保法》允许另有约定的规定，在船舶抵押合同中以明确条款约定该船舶抵押合同独立于借贷合同，不因借贷合同的效力而受影响。《海商法》虽无允许当事人另有约定的规定，但《担保法》作为其有关船舶抵押规定的一般法是可以被适用的。
多数国家的法律都认定船舶抵押权因双方的约定而产生，抵押合同因此成为船舶抵押权发生和履行的依据，合同内容是否明确将关系到当事人双方的利益。《海商法》并未规定抵押合同的内容，当事人应自行作出明确的约定。《担保法》第39条规定了抵押合同应包括的内容，并允许在不具备该款规定内容时予以补正。船舶抵押合同条款约定不明确时，可参照《担保法》的要求予以认定。船舶抵押合同的条款主要需明确抵押权人和抵押人各自的权利和义务，一般应载明：抵押双方当事人的身份，即各自的姓名、住址或者法人的名称、法定代表人姓名、法人主要办事机构地址等;抵押船舶所担保的贷款债权总额、贷款利率、币种或换算单位;借款人履行还贷债务的期限等内容。由于船舶抵押关系当事人权利义务所指向的对象是抵押的标的，它因此成为船舶抵押合同中一项重要的内容，通常包括船舶的名称、国籍、船价、各类船舶登记证书及船舶的总吨、净吨、长、宽、深、主机类型和功率等技术参数及抵押标的物的范围。当事人各自具体负责的事项一般可作以下约定：⑴抵押船舶的保险，例如确定办理船舶保险的一方、保险费用的承担、保险人的选择、投保险别的确定等。⑵抵押权登记，例如确定办理船舶抵押权登记的一方、登记费用的负担等。⑶抵押船舶的监督管理，如抵押权人对抵押船舶的监督管理权限、抵押船舶的主要营运方式及营运范围等。当事人还可根据需要约定其他一些事宜，如抵押权人可否以及在什么情况下直接占有和使用抵押船舶等。签约日期及当事人签字、盖章等。船舶比一般标的物复杂的特性使该抵押权标的还涉及其他一系列法律问题和程序问题。
